Die Isar ist ein alpiner Wildfluss und ist von der Landesgrenze im Süden bis München fast durchgängig als FFH-Gebiet ausgewiesen. Sie besitzt abschnittsweise weiteren nationalen Schutzstatus (NSG, LSG), gilt außerdem als Europaschutzgebiet und umfasst an der oberen Isar die großflächigsten Lebensräume für vom Aussterben bedrohten Arten. An seichten Wasserstellen und im Bereich Totholz leben verschiedenste Arten im Wasser. Auf Kiesflächen und Uferbereichen der Isar lebt beispielsweise der Flussuferläufer, Flussregenpfeifer, der Dünen-Sandläuferkäfer und viele mehr.
Kiesflächen werden von Badegästen und Campern genutzt und beeinträchtigen damit teils die dort lebenden Arten (zum Beispiel kommt es zum Zertreten der Eier des Flussregenpfeifers oder zum Verlassen der Brut durch die Eltern). Das Ziehen von Booten über den Kies kann Lebensräume für Pflanzen und Heuschrecken zerstören – im seichten Wasser kann dadurch Fischlaich zu Schaden kommen. Die jahreszeitlichen Fahrverbote (01. Januar – 31. Mai) dienen dem Schutz des Fischlaiches und der kiesbrütenden Vogelarten. Allerdings startet mitten in der Brutzeit der erlaubte Bootsverkehr.